Originalmente estaba enclavada en la jurisdicción de Tacuba, en los linderos entre esta ciudad y la villa de Azcapotzalco; colindando al norte con el barrio de San Lucas, al sur con el de Santa Cruz Atenco, al oriente con la hacienda de los Camarones y al poniente con la calzada de Azcapotzalco.
El primer propietario del que se tiene noticias es don Juan Antonio Clavería Villarreales, comerciante y miembro del Real de Minas de Pachuca. En 1701 hereda la hacienda a sus hijos Juan, Sebastián y Silvestre quienes la venden en 1729. En 1735 la adquiere el capitán Francisco Marcelo Pablo y posteriormente Tomás Arriaga, hasta que la compra don Juan Domingo de Bustamante de San Lucas de Barramenos. A partir de ese momento, la casa de la hacienda se conocerá como el palacio de los Bustamante.
A principios del siglo XIX y tras una mala administración, la familia Bustamante termina rematando sus bienes entre los que se encuentranClavería, la hacienda de San Antonio Cahualtongo y la Noria, en Xochimilco.
En agosto de 1821 estuvo ahí acantonado el Ejército Realista bajo el mando del coronel Manuel de la Concha, protegiendo el acceso a la Ciudad de México del Ejército Trigarante de Agustín de Iturbide. Desde estos años hasta mediados del siglo XIX perteneció a los condes de la Cortina, pasando luego a manos de los marqueses de Selvanevada.
En 1869 pasa a los descendientes del Marquesado de Morantes, la familia Manterola Echeve, quienes comienzan a fraccionarla surgiendo los ranchos de San Lucas, Las Moreras, La Puerta Azul y San Álvaro.
En 1923 sus antiguos campos de cultivo se transforman en la colonia El Imparcial, mientras que hacia los años 70 el casco se convierte en el actual IPADE.