Estas tierras ya estaban ocupadas en el Preclásico por pescadores. En el Clásico Tardío aparecían los itzaes venidos de Chichén Itzá, pero alrededor de 1200 a.C. se ven obligados por los tutul xiues a replegarse en la selva guatemalteca.
Champotón conocido como Chakán Putum que en maya significa “Sabana de los Putunes”, se convertiría en la capital del cacicazgo del mismo nombre.
Los putunes dominarían desde aquí un vasto territorio que abarcaba de Seybaplaya a la Laguna de Términos. Navegaban y comerciaban, pero su espíritu guerrero saldría a relucir en 1517, cuando en busca de agua llegó una expedición española al mando de Francisco Hernández de Córdoba. El cacique Moch Couoh los obligó a retirarse heridos, así que Champotónsería conocido como la “Bahía de la Mala Pelea”.
Juan de Grijalva y Pedro de Alvarado también pasaron por aquí, y un nuevo enfrentamiento marcó el fin del cacique indígena. Hasta el tercer intento de los conquistadores por dominar la península, Francisco de Montejo fundó la Villa de San Pedro Champotón, el primer asentamiento controlado que serviría para alcanzar después la ciudad de Campeche, Mérida y Valladolid.
En el siglo XVII se construyó el Fuerte de San Antonio que hoy todavía se puede apreciar al pasear por el malecón. Hubo grandes terratenientes en la zona, como José María Carpizo, y lo que queda de su hacienda aún se puede apreciar. En la actualidad Champotón se dedica a la pesca de manera industrial.
Para saborear los mariscos nada como acudir al Mercado Pablo García. Aquí se pueden adquirir pescados frescos como jureles, rubias, pámpanos y robalos. A un par de cuadras se encuentra la plaza principal, la Plaza Ángel Castillo Lanz. Palmeras, pinos y el alargado portal de la Presidencia Municipal crean la atmósfera de este céntrico rincón. No muy lejos, en la Plaza de las Madres, se encuentra la Iglesia de Nuestra Señora de las Mercedes, una construcción franciscana del siglo XVIII. Su fachada de piedra y su única torre parecen exigir una mirada seria a quien se detiene enfrente.
El más grande atractivo de este poblado es el río Champotón, atravesarlo en lancha significa adentrarse en un espacio de agua donde todo son manglares y garzas blancas alzando el vuelo a cada instante. El río nace entre manantiales, su camino es un pequeño ecosistema donde cormoranes y águilas pescadoras encuentran cabida.
Sobre la carretera federal 180, a 68 kilómetros de Champotón, se encuentra Sabancuy, un poblado lagunero que tiene dos paisajes maravillosos. están sus playas, postales de agua tranquila donde abunda el sosiego. Buzos y practicantes de esnórquel tienen aquí un sitio para sumergirse. Y está el largo estero, ese canal lleno de mangles y selva baja que corre paralelo al mar, separado por una delgada barrera arenosa. No es sino hasta la Laguna de Términos que se diluye, y en ese privado mundo de 32 kilómetros cuadrados habita una gran variedad de peces e invertebrados.
Entre las varias fincas que alguna vez existieron en Champotón, hay dos que en el siglo XIX pertenecieron a la familia Carpizo. Acercarse a ellas ayuda a imaginar un tiempo campechano ya perdido. La Hacienda San José Carpizo, hoy en ruinas y habitada en parte por una comunidad, tuvo días prósperos dedicados a la agricultura y la ganadería, también conoció el auge del palo de tinte y elhenequén. La casa principal, la iglesia, los talleres y algunas casas se mantienen en pie. Solo que la opulencia antes buscada con tejas, mosaicos, piedra labrada y herrería ya no reluce más. La Hacienda San Luis Carpizo estuvo también dedicada a la producción agrícola. Luego de un período de abandono le tocó en suerte ser restaurada por la Armada de México. A partir de 1999 ha servido de sede a la Escuela de Infantería Marina. Arcos, techos a dos aguas y un intenso color rojo en las paredes forman parte de su encanto.
A 15 kilómetros al sur de Champotón se encuentran dos playas en las que vale la pena detenerse. Punta Xen y Chenkán. La extensa franja arenosa que ambas comparten es un escenario de arribo: aquí llegan tortugas blancas a desovar. Sus huevos son cuidados por un par de campamentos dedicados tanto a la conservación de la zona como del espectáculo que da sentido y continuidad a la vida de las tortugas. En el estado de Campeche existen once campamentos dedicados a custodiar las zonas de desove de las tortugas marinas.