Fueron construídos cuando la piratería ya no agobiaba a la ciudad, sino por el medio de una invasión inglesa, los fuertes de San José y San Miguel aún permanecen en su respectiva colina.
San José data de 1792, al norte y encargado de vigilar las costas de barlovento. Al sur casi del doble de tamaño, está San Miguel desde 1801. Cada uno poseía un par de baterías que debían proveerles auxilio, se construyeron entradas en forma de serpientes, puentes levadizos, troneras y garitas, aljibes, almacenes de pólvora y fosos con estacas. Nunca fueron usados para alguna invasión inglesa, pero sí fueron escenario de luchas durante las diferentes pugnas enlas que la ciudad se vio envuelta en el siglo XIX.
San José se convirtió en el Museo de Barcos y Armas en 1995 y su interior reúne reproducciones a escala de galeones, bergantines y piraguas. También se exhiben espadas utilizadas alguna vez por Agustín de Iturbide y Pedro Sainz de Baranda, un marino nacido en Campeche. destaca la pintura al óleo de San Ignacio de Loyola, del siglo XVIII y firmada por Cristóbal de Villalpando.
En San Miguel se encuentra, desde 1999, el Museo de Arqueología Maya, que posee información sobre las técnicas constructivas de los antiguos mayas y la disposición de sus ciudades, sus dioses, la forma en que medían el tiempo y su espíritu bélico forman parte de la museografía que se extiende en sus 10 salas. La IV está dedicada a Calakmul y ahí se pueden ver hallazgos de dos tumbas encontradas en la Estructura II: cuentas de jade, conchas spondylus, piezas de cerámica estilo códice y una máscara de jade, que corresponden a la tumba del rey Yuknoom Yich’aak K’ahk’, conocido también como Garra de Jaguar.