La fundación del puerto de San Juan de Ulúa, en Veracruz, fue uno de los acontecimientos clave en la colonización de América, ya que pronto se constituyó en el anhelado vértice del intercambio entre Europa y el Nuevo Mundo.
Su origen está ligado a la fundación de la Villa Rica de la Vera Cruz, el 22 de abril de 1519. Hernán Cortés la llamó de la Vera Cruz o Verdadera Cruz por ser Viernes Santo el día en que la fundó. El nombre de San Juan fue puesto en honor del capitán de la exploración, Juan de Grijalva, y Ulúa porque cuando los españoles llegaron a esta isla, encontraron a dos muchachos sacrificados y le preguntaron a un indígena qué pasaba. Éste les contestó que los Culúa (Acolhuas) los mandaban a sacrificar, pero como pronunciaba Ulúa, así le llamaron a la isla.
Desde la fundación de este puerto se supo que la navegación para llegar a él era difícil por los constantes nortes y huracanes. A pesar de esto, se consideró que era el mejor resguardo contra los peligros naturales y los piratas, precisamente por el sistema de arrecifes que actúa como una barrera protectora.
La primera ciudad que se construyó frente a la isla de Ulúa, en 1519, se levantó con las tablas de los mismos navíos que habían naufragado o de barcos inutilizados después de recorrer el Atlántico por muchas ocasiones, lo que le valió el nombre de la Ciudad de Tablas. También fue llamadaVeracruz La Vagabunda porque fue trasladada tres veces en busca de mejores condiciones para el desembarque de mercancías. A los tres asentamientos de la Villa Rica de la Vera Cruz se les distinguía como: La Vieja, ubicada de 1519 a 1525 cerca de Quiahuiztlán; La Antigua, en el río del mismo nombre, de 1525 a 1601, y La Nueva, otra vez frente a Ulúa. Esta última llegó a estar rodeada de una muralla para mejor defensa de los piratas.
La Flota de la Nueva España viajaba junto con la Flota de Tierra Firme, la cual iba a Centro y Sudamérica. Al separarse, la primera navegaba al puerto de San Cristóbal de la Habana, en Cuba, para de ahí dirigirse hasta San Juan de Ulúa.
Las flotas que llegaban a Ulúa debían rodear los arrecifes que custodiaban a la ciudad y al fuerte, y entrar por el canal llamado del norte, el cual se consideraba más seguro, aunque existía otro al sur al que se podía entrar con brisa. Para fondear en el muro de las argollas, donde se amarraban las naves, había que tener mucha “industria”, ya que la bruma invadía con frecuencia el puerto y sólo había espacio para que 30 naos gruesas atracaran. Las condiciones ambientales de este puerto dejaron un enorme saldo de naufragios a lo largo de los distintos periodos históricos. Pero no sólo las corrientes oceánicas, las mareas, los ciclones y las tormentas cobraron un precio muy alto a los navegantes. A esto se añadían los piratas, tan temidos como las propias tormentas o los huracanes. Dos fueron las grandes incursiones piratas que estremecieron al puerto con más de un siglo de diferencia entre sí. La primera tuvo como protagonistas a John Hawkins, precursor de la piratería inglesa en América, y al joven Francis Drake, cuyos barcos fueron confundidos con los de la flota española, hecho que facilitó que se apoderaran de San Juan de Ulúa. La segunda incursión pirata la realizó Lorenzo de Graff, llamado también Lorencillo, con un grupo de entre 1,200 a 1,500 hombres.
Cuando Veracruz se convirtió en consulado y se promulgó el Decreto de Libre Comercio en 1778, el tráfico se efectuó por medio de buques mercantes. Entonces, los peligros fueron las múltiples batallas que tuvieron como escenario el Fuerte de San Juan de Ulúa, como la de 1822 en la que Pedro Sáinz de Baranda consiguió bloquear el suministro a la guarnición que resistía como último reducto español en la recién independizada colonia. Otros casos fueron: la Guerra de los Pasteles en 1838, cuando los franceses tomaron Ulúa; la intervención norteamericana de 1847; la Guerra de Reforma en 1860, en la que dos vapores españoles comprados por los conservadores lucharon contra cuatro barcos norteamericanos que apoyaban a los liberales de Juárez; la intervención francesa de 1861, y la segunda intervención norteamericana de 1914.
A finales del siglo XIX, el puerto de Veracruz recibió el impacto directo de la mayor integración de México al mercado internacional. Comenzaron a circular entonces los barcos llamados clípers y los primeros vapores.
Durante la dictadura de Porfirio Díaz se llevó a cabo una gran remodelación del puerto a cargo de la compañía Pearson & Son, importante empresa constructora.
En 1902, al inaugurarse las obras de remodelación del puerto, funcionaban cuatro muelles: el Muelle Fiscal y los destinados a los ferrocarriles Mexicano, Interocéanico y Alvarado.
Actualmente el transporte de las mercancías se hace en contenedores, grandes cajones de 20 y 40 pies cúbicos, respectivamente. La Isla La Gallega, donde se encuentra el fuerte, está unida a tierra firme para facilitar el desembarque de estos contenedores mediante grúas. La entrada al puerto que en siglos atrás se realizaba por el canal del norte ahora se hace por el canal del sur.