Así como los conjuntos monumentales de Monte Albán sirben como unidad de análisis urbano para comprender la complejidad de la ciudad en sus diferentes momentos de construcción y ocupación, en Atzompa es la plaza la unidad analítica que nos sirve para interpretar las diferentes funciones y el esquema social que prevaleció en la zona monumental y sus suburbios.
La Plaza A, ubicada en el punto más alto, es el espacio ceremonial por excelencia del sitio. Similar en muchos aspectos a las plazas de Monte Albán, presenta una enorme plataforma en planta en L, en el lado norte de la plaza, este edificio está compuesto por una escalinata monumental central y dos grandes alfardas que definen sus tres cuerpos. En su parte superior tiene los restos de lo que fue un templo alargado, de exquisita arquitectura y finos acabados.
El edificio número 4, situado en el extremo oeste, delimitando la plaza. También de tres cuerpos, presenta en sus costados ornamentación alusiva al lugar o locus, mediante el glifo T. Al centro, esta plaza presenta un amplio adoratorio cuadrado, en cuyo interior existe lo que fue una tardía de planta cruciforme.
La Palza B alberga el complejo conocido como Casa de los Altares, compuesto por ese palacio, el Edificio Funerario, la plaza misma y el Edificio 8, éste da paso hacia la Plaza C o Terraza Abierta, un espacio sin construcciones que ofrece magníficas vistas del Cerro del Gallo y el resto de Monte Albán.
En la plaza localizada en en la terraza inferior se encuentra el complejo de la Casa de Oriente. En ésta se construyó su casa de servicios y su juego de pelota, un edificio piramidal que constituye el templo en el contexto de la plaza y que se encuentra en primer plano, a la llegada al sitio.
La Plaza D está en el plano inferior a la Plaza A. Presenta características similares a ésta, y sus particularidades se revelarán en su próxima excavación.
La Plaza K ubicada cuesta abajo, aproximadamente a 800 metros de la Plaza A, muestra menos formalidad en su construcción, dimensiones y tratamiento. Se compone de un templo de dimensiones modestas, un gran espacio abierto y una casa. La unidad doméstica que limita al oeste era una casa sencilla, que denota una condición social de menor rango pero con acceso a los mismos recursos para la construcción. Alrededor del área monumental más exclusiva se encuentran en un patrón disperso plazas de dimensiones similares a la Plaza K.
Atzompa fue un sitio que se fundó en la época tardía de Monte Albán, que su construcción se realizó en dos épocas consecutivas, y que su organización social fue compleja, basada en liderazgos de linajes probablemente procedentes de Monte Albán. De cualquier manera, la población de Atzompa estuvo más preocupada por los efectos y posibilidades de los seres humanos que por los alcances de sus deidades.