La construcción fue edificada sobre la planicie de la pirámide mayor de un antiguo complejo religioso indígena “papolchach” (castillo de los reyes) y es uno de los cinco ex conventos más antiguos de la Península.
Su atrio (el más grande de toda América) al que dan acceso varias rampas, entecede el conjunto y está limitado en las esquinas por capillas posas.
En 1829 un incendio consumió el templo y se perdió la imagen de la Virgen (llevada por fray Diego de Landa), el retablo mayor y varios laterales.
Ese mismo año se encargó la escultura guatemalteca de la Virgen, que hoy todavía se conserva.
