El museo ocupa lo que fue la antigua casa colonial del conde de Buenavista, construida a finales del siglo XVIII y principios del XIX, por el famoso arquitecto y escultor valenciano Manuel Tolsá; también autor del Palacio de Minería. Doña María Josefa de Pinillos Gómez había encargado la residencia para regalarla a su segundo hijo, pero el conde murió antes de que la construcción terminara. La casa fue habilitada para varios usos, como el museo de objetos raros, residencia de algunos personajes de la historia de México, fábrica de cigarros (La Tabacalera Mexicana, que da nombre al barrio donde se encuentra) y sede de La Lotería Nacional, entre otros.
En el siglo XX, el edificio pasó al patrimonio de la Beneficencia Pública hasta que la Universidad Autónoma de México instaló ahí la Escuela Nacional Preparatoria Número 4 entre 1958 y 1965. En 1966, por juzgarse como una belleza de la arquitectura neoclásica, fue cedida al Instituto Nacional de Bellas Artes. En junio de 1968 se inaugura el Museo de San Carlos; y en 1994 adquiere rango de museo nacional por decreto presidencial. Cuenta con un gran acervo de arte europeo, formado principalmente por obras pictóricas del siglo XIV hasta principios del XX. También cuenta con una notable colección de grabado, dibujo y escultura. Entre los artistas más destacados del museo se encuentran Lucas Cranachel Viejo, Jacopo Carruci el Pontormo, Jacopo Robusti Tontoreto, Francisco de Zurbarán, Peter Paul Rubens, Anton van Dyck, Francisco de Goya, Jean Auguste Dominique Ingres, Eduardo Chicarro y Joaquín Sorrolla.
El acervo del museo tiene su origen en las colecciones pertenecientes a las galerías de pintura de la Antigua Academia de San Carlos de México, fundada en 1783 por decreto de Carlos III, rey de España. al principio, la Academia adquirió obra europea para servir como modelos de aprendizaje de los estudiantes y posteriormente se integraron las mejores producciones de la misma.
A mediados del siglo XIX, se siguieron haciendo adquisiciones de pintores españoles, italianos y franceses. Además de su colección permanente, en el museo se llevan a cabo exposiciones temporales, se organizan cuenta-cuentos y obras teatrales.
Ubicación: Puente de Alvarado 50, Tabacalera.
Teléfono: 5566 8085 exts. 15 y 16.
Horarios: Miércoles a lunes de 10:00 a 18:00 horas. Se paga admisión; descuento a estudiantes y afiliados al Inaplen; lunes y días festivos entrada gratuita.