Este ex convento alberga actualmente el Museo Nacional del Virreinato.
Entre las obras más importantes, destacan las pinturas de Miguel Cabrera y Cristóbal de Villalpando; también se pueden apreciar tallados en madera, obras en orfebrería, plata, laca, marfil, marquetería, terracota, armas y armaduras, hábitos y otros objetos de las artes menores y aplicadas.
Tepotzotlán fue un antiguo asentamiento otomí, encomendado a los jesuitas, quienes establecieron un noviciado que funcionó desde 1586 hasta la expulsión de la orden 1767.
En 1933 el edificio fue considerado Monumento Nacional y en 1960 se le cedió al INAH para su conservación.
Si iglesia, dedicada a San Francisco Javier, fue levantada a mediados del siglo XVII y ostenta una ornamentación churrigueresca.
En el interior aloja 10 retablos barrocos así como pinturas al temple con representaciones de la Virgen de Guadalupe y San Ignacio de Loyola realizadas por Cabrera.
También de gran interés es la capilla de Loreto, la cual data de 1733, comparable tan sólo con la capilla del Rosario en Puebla y la iglesia de Santo Domingo en Oaxaca.
A un lado se halla el Camarín de la Virgen, un recinto en forma octagonal cuyos muros están recubiertos de oro y gran colorido, mientras que el relicario de San José aloja una escultura del santo y pinturas del siglo XVIII por José de Ibarral y Juan Rodríguez Juárez.
El ex convento está formado por cuatro claustroscon su patio cada uno, siendo el de los Aljibes y los Naranjos los de mayor interés.
