Fue proyectado y fundado por fray Diego de Chávez en 1548.
El arquitecto Pedro del Toro lo levantó a manera de fortaleza para servir de defensa a los primeros colonizadores.
Hoy todavía en este exconvento agustino se advierten en algunas de sus puertas las huellas de las flechas chichimecas que lo atacaron en 1588.
También a consecuencia de los ataques, falta en la fachada el piñón triangular propio de la orden.
La decoración en la fachada de la iglesia es de clara influencia indígena.
Desgraciadamente, sus retablos fueron quemados y sustituidos por otros de estilo neoclásico.
El claustro es uno de los más ostentosos: en sus pasillos exhibe un techo de nervaduras góticas con vestigios de pinturas al fresco.
En la planta baja funciona un pequeño museo.
