Mucho tiempo antes de que Monte Albán se convirtiera en la metrópoli más importante del valle de Oaxaca, durante el llamado periodo clásico, existió otro sitio sin cuya presencia, hubiera sido casi imposible la aparición y posterior desarrollo de Monte Albán en la región sur de la antigua Mesoamérica.
Conocida como San José del Mogote o San José Mogote, esta zona arqueológica data del periodo histórico conocido como Preclásico; y se considera que fue habitada hacia el año 1500 a.C., lo que la convierte en uno de los poblados más antiguos de Oaxaca.
San José Mogote se localiza en el Valle de Etla, al noroeste de Monte Albán, y según los estudios que se han hecho sobre el sitio, sus habitantes fueron hábiles astrónomos dedicados a los cálculos calendáricos. Con el tiempo, San José se convirtió en el centro político de la zona durante la Etapa Urbana, cuando comenzaron a construirse los asentamientos oficiales de poder en el valle de Oaxaca, erigiéndose a su vez, como un importante punto de contacto entre las culturas zapoteca y olmeca, como así lo evidencian los restos cerámicos encontrados en el sitio. Y ya que hablamos de la cerámica, sabemos que San José fue un centro artesanal muy importante, especializado en la producción de espejos de pirita y magnetita, altamente apreciados por los olmecas de la Costa del Golfo.
El gran desarrollo que San José tuvo durante el periodo comprendido entre el 850 y el 500 a.C., vio su luz apagar cuando Monte Albán comenzó a hacerse presente hasta alcanzar el dominio completo de la región; por ello, la hegemonía de San José Mogote terminó formalmente hacia el 400 a.C, quedando tan sólo como muestras de aquella época de transición y reacomodo cultural, los restos arquitectónicos al estilo Monte Albán, por ejemplo: en la plaza principal, las estructuras monumentales incluyen un templo sobre un montículo más alto con basamento de bloques de piedra; así mismo, existe una figura semejante a los famosos danzantes de Monte Albán, la cual pertenece a una etapa más antigua (Monte Albán I), y que descansa en un corredor entre dos plataformas.
Ahí también, pueden apreciarse una serie de terrazas sobre las que se distribuyen restos de templos y escalinatas, de las cuales algunos están parcialmente restaurados o poco explorados.