El territorio de Querétaro ha sido relativamente poco estudiado en lo que se refiere a su inserción en la historia antigua de México.
Los trabajos arqueológicos en el área todavía son insuficientes y, en una perspectiva sistemática, inician hace apenas unos veinticinco años. No obstante, la riqueza arqueológica del estado es singular, por tratarse de una zona que formó parte de la fluctuante e irregular frontera entre los pueblos agrícolas mesoamericanos y los grupos de recolectores-cazadores, genéricamente conocidos por los habitantes del altiplano como “chichimecas”.
La investigación arqueológica en el área se inscribe en una región más amplia que podríamos reconocer como el centro-norte de México, delimitada al este y al oeste por las vertientes interiores de las sierras Oriental y Occidental, al sur por los ríos Lerma y San Juan, y al norte por el desierto que se extiende más allá del Gran Tunal, en San Luis Potosí.
Hacia el siglo V antes de nuestra era encontramos la presencia de los primeros pueblos agrícolas, cuyas huellas se han descubierto en lugares como Chupícuaro, en Guanajuato, y Cerro de la Cruz, en San Juan del Río, Querétaro.
El auge de Teotihuacán en la primera mitad del primer milenio de nuestra era propició la expansión de la frontera norte mesoamericana hastaZacatecas y San Luis Potosí.
Las impresionantes zonas arqueológicas de Ranas y Toluquilla, en la Sierra Gorda, vinculadas al desarrollo de una intensa y temprana actividad minera en esta porción del actual territorio queretano, han aportado evidencias de la presencia teotihuacana en la región, que se advierte también en algunos sitios de los valles de Querétaro y San Juan del Río.
A la caída de Teotihuacán se observan en el área desarrollos culturales de carácter local, algunos de los cuales se verán posteriormente sujetos al dominio de Tula, entre los siglos IX y XII de nuestra era.
La zona arqueológica de El Cerrito, también conocida como la “pirámide de El Pueblito”, es un magnífico ejemplo de la influencia que legó a tener la cultura tolteca en el área.
La región del centro-norte fue ocupada por otimíes, nahuas, purépechas, huastecos, pames y jonaces, entre otros, quienes se movían en un escenario de intenso intercambio entre los pueblos agrícolas y los grupos chichimecas que se enseñoraron en el área luego de la caída de Tula, de manera que hacia principios del segundo milenio de nuestra era el poblamiento agrícola se contrajo hacia el sur de la cuenca de los ríos Lerma y San Juan, frontera virtual que prevaleció hasta el arribo de losespañoles en el siglo XVI.
En esta zona de frontera y encuentro de culturas, los otomíes operaron como interlocutores e intermediarios entre los pueblos maiceros mesoamericanos y los chichimecas recolectores-cazadores, con quienes compartían relaciones comerciales y algunos rasgos culturales.
Esta circunstancia les posibilitó, a la caída de México Tenochtitlán en 1521, emprender un proceso de expansión hacia el norte, con la complacencia de la corona de España, fundando diversas poblaciones en el territorio que los mexicas habían denominado Chichimecapan, y que más tarde destacarían con los nombres de San Juan del Río y Santiago de Querétaro.
