Este museo es un espacio creado por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) con la participación de la comunidad de Santa María Atzompa, con el propósito de difundir el conocimiento sobre los zapotecos y su ciudad.
El museo fue construido al estilo vernáculo y se adoptó la estructura a las variaciones topográficas, para armonizarlo con las edificaciones características de la comunidad de Atzompa. Se encuentra a las afueras de la comunidad, en la esquina de Independencia y Miguel Cabrera.
Los objetos que aquí se exponen son gracias a la colaboración de personas de la comunidad, quienes participaron en la excavación, lavado y pegado tanto de materiales arqueológicos como de los edificios prehispánicos. Con este museo se hace énfasis a la importancia de la protección y conservación integral del conjunto arqueológico y de sus recursos naturales.
Este museo comunitario se instaló para que la población se beneficie de los aspectos educativos que genera. Su ubicación fue planeada para atender a los visitantes que acuden a la zona arqueológica.
La colección se compone de 98 objetos de cerámica, obsidiana, pedernal, jade, concha, así como piedra tallada. Entre las piezas de cerámica destacan tres vasijas de un metro de alto, así como vasijas-efigie de grandes dimensiones que representan deidades del panteón zapoteco.
El museo cuenta con una sala de video y otra de exposiciones temporales para la eventual demostración de productos de alfarería de Atzompa, área de jardines y espacios para diversas actividades artísticas.
Horario: Lunes a domingo de 10:00 a 17:00 horas.