Fundado entre 1587 y 1590 con la imagen de la virgen traída de España.
El pequeño templo fue cerrado en varias ocasiones hasta 1614 cuando llegaron los primeros padres benedictinos Diego Sánchez y Juan Victoria.
El conjunto fue utilizado como colegio hasta 1821, cuando se ordenó su clausura.
Las pinturas que anteriormente se alojaban en la capilla (entre ellas una de Zurbarán) se encuentran en la Academia de San Carlos.
El claustro funcionaba como botica, en donde se elaboraban medicinas que eran repartidas de manera gratuita a los enfermos.
En 1861, por orden del gobierno, se permitió que la iglesia se reabriera para el culto católico y al año siguiente se dispuso que el edificio conventual fuera dividido en lotes para que se repartieran entre varias familias descendientes de los primeros insurgentes; orden que no llegó a cumplirse, ignorándose la causa.
La imagen de la Virgen de Monserrat que aquí se veneraba, fue cambiada después de las leyes de Reforma a la iglesia de San Jerónimo, donde aún hoy se observa. Desafortunadamente, todo el conjunto se vio afectado por la ampliación de la Avenida Izazaga; en 1973 la capilla fue donada a la Federación Nacional de Charros y el ex convento funciona hoy como el Museo de la Charrería.
