Al fondo de su espacioso atrio se halla el templo que data entre 1550 y 1600.
Su fachada principal (de estilo barroco sobrio) es de cantera verde y está decorada con el relieve historiado que representa a San Hipólito Mártir.
En su interior se conservan pinturas y el árbol genealógico (desde el siglo XVI hasta el XVII) de los guzmanes, compuesto por bustos que brotan flores.
El retablo mayor que hoy se admira es copia del anterior que fue destruido.
Al costado derecho de la iglesia podemos admirar la Capilla del Rosario que muestra la misma riqueza ornamental del templo.
Posee figuras relacionadas con el culto popular y destaca notablemente en la cúpula la Virgen del Rosario rodeada de apóstoles, todos ellos ejecutados en bulto redondo y policromados.
El claustro conserva algunas pinturas en los muros. Sobresale de su construcción la escalera adornada con yeserías y cubierta por una monumental bóveda.
El ex convento actualmente aloja el Museo Regional de Oaxaca en el cual se muestran objetos arqueológicos, máscaras, utensilios domésticos, objetos de hierro, planos del siglo XVI a manera de códices y una gran sala destinada a exponer los diferentes aspectos etnográficos del estado.
