El Museo cuenta con 18 salas, entre ellas el Bautisterio, en este espacio se encuentra la pila bautismal, la cual es monolítica, del siglo XVI y pone de manifiesto la mano de obra índigena, arte tequitqui, la pila presenta en su borde superior un cordón franciscano, más abajo una leyenda en lengua náhuatl qué explica: esta pila fue hecha en el año de 1581.
Tiene cuatro medallones con temas bíblicos “La lucha del arcángel San Miguel con Luzbel”, el “Bautismo de Jesús”.
La capilla abierta surge para contrarrestar la renuencia de los índigenas celebrar sus cultos y ceremonias en interiores, los sacerdotes oficiaban las actividades religiosas en este sitio.
El altar, consta de pinturas al fresco realizadas en el siglo XVI con imágenes de San Francisco de Asís.
Las pinturas son de estilo renacentista.
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