Este relevante espacio contiene la más importante colección de objetos relativos a la historia colonial del país.
Posee una maravillosa muestra de 20 pinturas del célebre artista novohispano Cristóbal de Villalpando con la historia de San Ignacio de Loyola.
También se exhiben otras importantes muestras de pintura de los pinceles de Juan Correa, Martín de Vos y Miguel Cabrera, entre otros, así como objetos de uso religioso y civil, entre los que se pueden mencionar una escultura en madera, cera y pasta de caña de maíz, una colección de utensilios de plata, imágenes talladas en marfil relacionadas con el comercio con Oriente, cerámicas, armaduras, arte plumario, textiles, armas, muebles, una extensa biblioteca histórica con más de 4000 ejemplares que incluyen algunos incunables, y en sus bellos jardines la fuente original del llamado Salto del Agua, la cual remataba el viejo acueducto que nacía en Chapultepec.
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