La entrada al recinto franciscano prepara al visitante para admirar un atrio bardado que contiene “la fuente de las cuatro apariciones”, con cuatro imágenes de la Virgen.
Su templo es de cantera rojiza, un bello ejemplo del barroco que se desarrolló en México.
En el interior se venera a la Virgen llamada la “Preladita” adornada con platería neoclásica. Hoy está convertido en el Museo de Pintura Virreinal y alberga al Cristo de Lágrimas, una escultura en madera con incrustaciones de resina en las mejillas y en el costado; 24 cuadros que ilustran la vida de San Francisco de Asís; un cuadro monumental de San Cristóbal, del pintor Nicolás Rodríguez Juárez, una doble sillería labrada en madera negra con altos respaldos en que están figurados apóstoles y santos, obras de arte muy antiguas y una biblioteca con numerosos volúmenes impresos a mano, entre otras riquezas.