La época en la que Atzompa alcanzó su mayor esplendor se caracteriza por ser de un dinámico crecimiento poblacional y de especialización artesanal en el valle de Oaxaca. Algunos sitios contemporáneos deAtzompa así lo demuestran, como Ejutla en el Valle Grande, productor de ornamentos de concha, y El Palmillo, sitio en el límite del valle de Tlacolula, que se especializó en la manufactura de objetos utilitarios asociados a las fibras del maguey y palmillo. En Atzompa hay evidencias claras de la especialización en la producción de cerámica, como las ollas de gran formato y las urnas funerarias.
La presencia de las residencias conocidas como Casa de Oriente y Casa de los Altares, en los polos del área nuclear, confirman la convivencia de representantes de las elites, son linajes dominantes que encontraron en este emplazamiento nuevo la solución ideal para la reproducción de su poder político.
En cuanto a construcción, en Atzompa se dieron todos los sistemas de construcción de Monte Albán, probados por la larga experiencia de los constructores locales, en detalles como esquinas y tableros de los templos y palacios, la excelencia en el corte de la piedra y el cuidado en la colocación de aparejos es una constante.
En Atzompa el gremio constructor tomó de las canteras localizadas en la cima las piedras necesarias para sus construcciones, no es raro encontrar en el arranque de los edificios enormes rocas naturales complementando la cimentación. Las materias primas que se emplearon para su construcción fueron locales, y se encontraban fácilmente en el sitio, roca sedimentaria para los paramentos y roca caliza para las diversas mezclas con cal.
En los aparejos de los muros se utilizaron los mismos sitemas que en Monte Albán. En este sentido, llama la atención la presencia de una versión temprana del aparejo llamado “opus mixteco” por Caso, Marquina y Fahmel. Este aparejo, que quedó ampliamente documentado en arquitectura de la fase Monte Albán V, se presentó en Atzompa en una versión formal aunque menos acabada que en la fase V, lo que hace pensar que el opus mixteco es en realidad una expresión estética originada en épocas zapotecas, que llegó hasta la fase Monte Albán V y la Colonia en la arquitectura pública y doméstica.
La arquitectura de Atzompa denota cierta prisa en su elaboración. Si bien la estabilidad estructural de las grandes plataformas estaba garantizada por su núcleo trabajado en “cajones”, su masivo desplante y posteriores adecuaciones estructurales, un ejemplo es la plataforma del Edificio 4, Plaza A, es claro que hubo prisa en los tratamientos finales o acabados.
Hoy en día sabemos que Atzompa no fue un asentamiento autónomo desligado de Monte Albán. Al contrario, la presencia de un número de accesos directos entre uno y otro conjunto, por la ladera sur y por el margen del río.