En el área maya existen dos tipos de drenajes, es decir de corrientes fluviales o ríos. Uno está constituido por los drenajes exteriores de la vertiente del Atlántico (Golfo de México y Mar Caribe), y el otro por áreas con depósitos subterráneos, en las regiones en que la superficie está formada por rocas calizas porosas (llamadas áreas de Karst). La vertiente del Océano Atlántico recibe la mayor parte del agua que proviene de los ríos de la zona maya, así como los de Mesoamérica.
La península de Yucatán, que separa al Golfo de México del mar Caribe, representa el área más extensa del depósito subterráneo en la América Media.
En la parte norte la fuente principal de agua dulce son los cenotes, grandes pozos naturales creados por el colapso de las bóvedas de cavernas subterráneas. Las aguadas, depresiones naturales con fondo impermeable que permiten retener la lluvia, son otra fuente de agua dulce de la región.
El drenaje de la parte sur de la península presenta cierta variedad. Lo mismo incluye corrientes subterráneas que lagos, pantanos y arroyos intermitentes. Los lagos más notables son los que ocupan la comarca lacustre del Petén central, de los cuales el más grande es el Petén Itzá.
