Contoy es una de las pocas islas caribeñas que conserva casi intactos sus ecosistemas. El faro de la isla y el Centro de Visitantes son las únicas construcciones hechas por el hombre.

Debido a que no se encuentra agua dulce, la fauna se restringe a murciélagos, iguanas grises y otros reptiles, pero destaca uno de los pocos refugios vírgenes para la anidación de tortugas carey, blanca y caguama.

Este parque alberga varias especies de aves, como pelícanos y cormoranes de doble cresta, y fauna marina protegida.

La isla fue decretada como Parque Nacional en 1998.