Aquí habitaban religiosas descalzas de San Francisco, aunque se construyó originalmente para indias nobles e hijas de caciques.
En 1867, debido a las leyes de exclaustración, se abandonó el edificio, ocupándose más adelante como escuela para sordomudos.
El templo funcionó como bodega por algún tiempo y, posteriormente, como Museo de la Higiene.
Hoy en día es el Museo Nacional de Artes e Industrias Populares, en el que se exhiben artesanías, miniaturas y otros objetos en cerámica, hojalata, vidrio, palma, textil, madera y papel, típico del arte popular mexicano.
