La iglesia del conjunto conventual, presedida por un inmenso atrio, presenta una portada que data de 1590 y es de estilo clásico.
Su interior fue cubierto con bóvedas y cúpula, sustituyendo la antigua techumbre de madera.
El retablo mayor es de estilo plateresco con pinturas y esculturas de Cristóbal de Villalpando, Juan Correa y Francisco Martínez.
Además se puede admirar la sillería coral, una pila bautismal y un púlpito rococó.
La capilla del Rosario, de 1768, posee una fachada de apariencia oriental por la profusión de relieves y la combinación de ladrillos y azulejos; también destaca un Cristo Crucificado de caña de maíz, obra de indígenas de Pátzcuaro.
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