Uno de los museos más llamativos es el Museo Nacional de la Muerte, ubicado en un antiguo claustro del siglo XVII. Ahí luce la colección de Octavio Bajonero Gil que expone la relación que los mexicanos tenemos con la muerte.
En un inmueble de inicios del siglo XX, está el Museo de Aguascalientes que fue inaugurado en 1975 y se enfoca en la obra de dos pintores hidrocálidos: Saturnino Herrán y Gabriel Fernández Ledesma.
El Museo Ferrocarrilero Tres Centurias fue inaugurado en marzo de 2003 en la antigua estación y almacén del ferrocarril. Este sitio se enfoca en el sistema ferroviario y su impacto en la historia de la ciudad. Es la sede de conciertos, presentaciones de libros y concursos; cuenta con biblioteca, hemeroteca y videoteca.
El Museo de Arte Contemporáneo despliega las obras ganadoras de importantes concursos, como el Encuentro NAcional de Arte Joven, el Concurso Nacional para Estudiantes de Artes Plásticas, y la obra de diversos artistas, como la fotógrafa italiana Tina Modotti y el pintor jaliciense Enrique Gusmán Villagómez.
El Museo Regional de Historia se encuentra en un hermoso edificio construido por Refugio Reyes. Este museo retrata la historia de la entidad desde la época prehispánica a través de objetos y fósiles que se remontan a hace más de 1,500 años. Enfrente se encuentra la Casa de la Cultura, donde se exhiben exposiciones temporales de artes plásticas y fotografía, también se imparten diversos cursos y talleres y es sede de una biblioteca y de la escuela de música.
El Museo José Guadalupe Posada muestra la obra de este hidrocálido. Importante grabador conocido en todo el mundo por el personaje de La Catrina, Posada realizó más de veinte mil grabados que reflejan la percepción de la sociedad de su tiempo.
El Museo Descubre es un espacio interactivo que busca que los niños y jóvenes aprendan mientras se divierten.
