La Hacienda de Los Cuartos junto con las del Chichimeco y Las Trojes, nació por merced original despachada el 22 de febrero de 1597, es decir hace 400 años, y fue utilizada como sitio de ganado mayor y caballerías.
En el siglo XIX se sustituyó paulatinamente la ganadería por la agricultura, particularmente para el cultivo y molienda de trigo, rama en la que la hacienda fue muy productiva debido a una reforma de las instalaciones de su molino en 1860.
A principios de este siglo la hacienda era una finca de unas 200 hectáreas en las que se cultivaba trigo, maíz y frijol, y contaba con monte para el ganado.
En las siguientes décadas perteneció a diferentes personas hasta que en 1990, el Ing. Roberto Aceves Fernández donó la finca a la Fundación para convertirse en el Centro Ecológico Los Cuartos y, que a partir de 1992 el Centro es un lugar dedicado a la educación ambiental.
