Originalmente se llamó San Isidro Labrador, pero al existir en los alrededores muchas peñas pequeñas, con el paso del tiempo se le quedó el nombre de Hacienda de Peñuelas.
Es una de las más antiguas del estado, inclusive se creó con anterioridad a la fundación de la ciudad como estancia de ganado de leche y producto de carne. De una gran extensión, perteneció a varios propietarios miembros de ricas e importantes familias locales; hasta que fue adquirida por el acaudalado conde de Rul en el siglo XVIII, quien introdujo en sus posesiones ganado español de lidia.
Algunos acontecimientos históricos de importancia tuvieron lugar en este sitio, tales como la derrota que infringió el general liberal Jesús González Ortega al general conservador Silverio Macías, el 14 de junio de 1860 durante la guerra de Reforma; por otra parte, el famoso y temido bandido de la región Juan Chávez nació en esta hacienda, siendo hijo ilegítimo del hacendado.
La época de mayor esplendor fue durante el Porfiriato, ya que llegó a tener una extensión de siete mil hectáreas y vivían más de 500 personas. Entre los productos agrícolas que destacaban se encuentra el maíz, frijol trigo, cebada y chile seco, productos que eran vendidos en la cercana ciudad y en lugares muy distantes de Zacatecas. De diversas maneras sus propietarios adquirieron ganado de lidia de excelente calidad, culminando este proceso en 1923 con la compra del ganado de venadero, fundiéndose ambas ganaderías, lo que la convirtió en el puntal de reses bravas en la región.
Esta grandiosa finca consta de 14 cuartos, mismos que están elegantemente decorados con objetos y muebles antiguos de gran valor histórico y estético, muchos de los cuales fueron traídos de Francia yAlemania.
A pesar de que la reforma agraria afectó la gran mayoría de los terrenos de la hacienda, sus actuales propietarios aún conservan algunas tierras de labor y corrales para el ganado bravo en donde pastan hermosos ejemplares.
El templo de la Purísima Concepción, levantado a la derecha de la casa grande es posiblemente la obra máxima dentro de los terrenos de esta gran finca. Construido entre 1847 y 1852, su importancia radica en que fue uno de los primeros templos neoclásicos que hubo en el estado.
El templo fue construído a expensas y devoción del hacendado Juan Belauzarán y decorado por el jefe político Felipe Nieto.
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