La primera ocupación de este sitio ocurrió hacia el año 500 a.C. por parte de grupos de tradición Chupícuaro que se asentaron junto al río San Juan y en la cima del cerro, donde se han encontrado algunas construcciones correspondientes a dicho asentamiento.
En cierto momento cercano al inicio de nuestra era se realizaron varios rellenos en la parte superior del cerro para levantar allí una gran plataforma que sepultó los vestigios arquitectónicos anteriores.
Luego hacia el sector noreste de la plataforma se edificó un basamento piramidal de tres cuerpos en talud, lo que originó una plaza abierta hacia el oeste. Se considera que en esta etapa intervinieron grupos de la cuenca de México.
No se tiene evidencia de una ocupación contemporánea a las fases de mayor auge de Teotihuacan, es más bien hacia su decadencia cuando Cerro de la Cruz vuelve a tener una ocupación importante, entre los años 600 y 900 d.C. aproximadamente.
Durante este lapso el basamento piramidal fue utilizado para dar forma y volumen a una nueva construcción sobrepuesta, también de tres cuerpos escalonados, pero ahora con fachadas que combinan el talud y el tablero y con planta en forma de T.
En febrero del año 2000 se iniciaron los trabajos de investigación, conservación, restauración y difusión de esta importante zona arqueológica, pero aún no está abierta al público.
Ubicación: Al sur de San Juan del Río, junto a la autopista México-Querétaro y al río San Juan.
