Los difuntos eran sepultados al interior o exterior de unidades habitacionales, creando así una relación entre los muertos y la casa de los vivos. Se pueden encontrar diferentes tipos de depósitos: tumbas, cistas, fosas u ollas. Las estructuras funerarias se localizaban en patios, debajo de los pisos de los cuartos o en afloramientos de roca. Las variaciones en la ornamentación arquitectónica y las ofrendas dependían del estatus social.
Entre las principales tumbas localizadas en Monte Albán destaca la Tumba 7, donde se encontró una magnífica ofrenda con gran cantidad de objetos de diversos materiales como oro, plata, jade, hueso, coral, cristal de roca, obsidiana.
En Atzompa se localizó una de las tumbas más elaboradas en los alrededores de la gran ciudad de Monte Albán. Ésta se encuentra al interior de uno de los edificios más importantes de Atzompa, localizado en una de las plazas del área nuclear y con una relación con la Casa de los Altares.
El edificio 6 tiene una interesante arquitectura, cuyo elemento principal es la escalinata central. En la cima del edificio se encuentra un templo con muros anchos de esquinas remetidas. Al interior se encuentra una banqueta con agujeros de poste y al centro un altar rectangular hecho con grandes bloques de piedra, colocado como parte de los rituales de abandono del edificio.
Durante la excavación del edificio se apreciaron aspectos poco vistos en otros edificios, como piedra en la fachada, puntas de proyectil, cerámica de tipo ritual, los restos de una urna. En el piso de estuco se aprovechó un faltante del piso para realizar un pozo de sondeo, lo cual dio por resultado el hallazgo a dos metros de profundidad de un muro de bloques estucados.
La cámara 1 posee un techo abovedado, elaborado con cuatro grandes losas sujetas hacia los muros. El dintel se encontró derribado entre las jambas, y al interior, dos grandes nichos ubicados hacia los costados. El interior fue vaciado y como en ritual de abandono, varios de sus elementos fueron destruidos.
La cámara 2 es rectangular y con techo plano, formado por losas unidas, en este sitio no se encontraron nichos.
La cámara 3 resguardaba los restos de un adulto de sexo masculino con deformación craneal, mutilación dentaria, recubierto con una delgada capa de pigmento rojo. Y también los restos de un joven con características femeninas, se encontró en decúbito dorsal pero con los brazos y piernas semiflexionados, y la cabeza separada del resto del cuerpo.
Las tres cámaras funerarias fueron construidas independientemente y corresponden a tres diferentes momentos de construcción del edificio, el cubo de la escalinata es el elemento que las vincula espacialmente. Cada una de las cámaras muestra particularidades propias en su arquitectura como en la decoración.
La cámara 3 es la más antigua, y se encuentra en el interior de una pequeña estructura. Es muy probable que la ofrenda y los entierros encontrados se relacionen con la ocupación original de este espacio.
El hallazgo del Edificio Funerario de Atzompa marca un cambio importante con las tumbas que han sido exploradas en Monte Albán, ya que muestra lo que puede interpretarse como una expresión local. Esta modalidad en las costumbres funerarias respecto a la construcción de tumbas al interior de un edificio piramidal, se utilizó para albergar a los personajes de la elite zapoteca de Atzompa, mientras que el resto de la población siguió depositando a sus muertos en tumbas sencillas asociadas a las unidades domésticas.