Entre las especies más relevantes, ya sea por su utilidad como alimento, su valor económico o su importancia religiosa y ritual, se encuentran mamíferos como el tapir, el pecarí, el ciervo de cola blanca y el jaguar. Entre los mamíferos de menor tamaño destacan: conejos, agutís y los monos araña y aullador o saraguato.
El jaguar y los reptiles (serpientes, iguanas y cocodrilos) poseían importancia ritual y religiosa y aparecen con frecuencia en la iconografía maya. Entre las numerosas especies de aves que existen en la región detaca el quetzal. Un ave que sólo vive en ciertas partes de gran elevación de los Altos de Guatemala y áreas adyacentes.