En términos generales, el bosque perenifolio (es decir con árboles que presentan hojas permanentemente) que domina las tierras altas, da lugar en las tierras bajas del sur a un bosque tropical lluvioso, con árboles de gran altura.
La extensión de la selva, en estas tierras, es mucho mayor ahora de lo que debió haber sido en el periodo prehispánico, tomando en cuenta que, en aquel tiempo, las plantas cultivadas (como el maíz, frijol, cacao y algodón) ocupaban una buena parte de la superficie.
Las tierras altas de Chiapas y Guatemala están cubiertas por bosques de coníferas y encinos, característico de zonas templadas. El mesófilo de montaña, conocido como bosque de niebla, ocupa, al igual que el anterior, lugares montañosos de Chiapas y Guatemala.
En la región maya se dan las condiciones hídricas y climáticas necesarias para el desarrollo de vegetación durante todo el año. El bosque tropical lluvioso (también llamado tropical perennifolio o selva alta perennifolia) es el tipo de vegetación más exuberante de esa región y representa la comunidad vegetal terrestre más rica, compleja y productiva del mundo. Se localiza en las tierras bajas del Petén guatemalteco, la Selva Lacandona en Chiapas, Tabasco, el sur de Campeche, gran parte del estado de Quintana Roo y Belice.
Algunas de las especies arbóreas que conforman la Selva Lacandona, son la caoba, el ramón, el hule, el chicozapote; entre las palmeras se encuentran el corozo y el guano.
El tipo de vegetación del Petén es considerada como un “casi-bosque lluvioso”, en el que domina una especie: los ramonales y los zapotales.
Al bosque tropical subcaducifolio también se le llama selva alta, mediana o caducifolia; se distribuye en la península desde Cabo Catoche hasta la ciudad de Campeche y en la zona costera del Pacífico chiapaneco y de Guatemala. La vegetación de esta selva es densa y cerrada.
El bosque tropical caducifolio es un tipo de vegetación propia de clima cálido. En la época de lluvias su aspecto es verde, en tanto que durante el estiaje presenta tonos grises y secos. Ocupa casi toda la superficie del estado de Yucatán, la porción noreste de la península, así como gran parte de la depresión central de Chiapas. En esta zona se desarrolla el cultivo de henequén, una planta nativa del área y de gran importancia económica por su fibra. En varias partes de la porción meridional de la península de Yucatán, el sur de Campeche y Quintana Roo, se encuentra un bosque de 4 a 12 metros de altura, dominado por el palo de tinte.