Con la caída de México-Tenochtitlan, junto con la conquista territorial llegó la conquista espiritual.

La orden de los jesuitas fue la primera que fundó misiones en el noroeste de la Nueva España, y una vez establecidos los asentamientos de Sinaloa y Sonora, dirigieron sus pasos hacia Baja California, en donde fundaron 18 misiones que se fueron extendiendo poco a poco hacia los dos extremos del estado.

A 103 kilómetros, rumbo al noroeste de Santa Gertrudis, se encuentra San Francisco borja, fundada en 1759.

Camino al norte se encuentran otras misiones hasta que se llega a Ojá Cuñurr en donde se localiza la misión de Nuestra Señora de Guadalupe del Norte, creada en 1834, la cual constituyó la última misión establecida en California.