Las ruinas de lo que fuera la antigua urbe se encuentran dispersas por todo el centro de Mitla, formando media docena de conjuntos arqueológicos.

Junto a la Iglesia de San Pablo se encuentra uno de los conjuntos más notables, llamdo Grupo Norte o Grupo de la Iglesia. Aquí se encuentra lo que fue el templo principal de la antigua ciudad, sobre una plataforma que ahora funge como el atrio de la iglesia, además de recintos que al parecer fueron residencia de los antiguos sacerdotes, así como tumbas.

Al sur de la iglesia se encuentra lo que se considera el corazón arquitectónico de Mitla, el Grupo de las Columnas. Está constituido por dos enormes patios rectangulares rodeados de plataformas con grandes salones. En ellos destacan las columnas de las que toma su nombre el conjunto y los tableros. Estos tableros son una suerte de mosaicos de piedra que forman bellisimos patrones geométricos de ángulos rectos, las famosas “grecas” de Mitla. Se encuentran formadas por miles de piezas pequeñas de piedra labrada acopladas entre sí sin ningún cementante.

Al poniente del Grupo de las Columnas se encuentra el Grupo del Adobe, y al sur están el Grupo del Arroyo y el Grupo del Sur. Estos son de dimensiones más modestas, pero también fueron centros ceremoniales. También al oeste del Grupo de las Columnas se encuentra El Calvario, una antigua capilla de ladrillo que fue edificada sobre lo que parece ser una antigua pirámide.

Un poco más al sur se encuentra El Mogote, otro promontorio de hace varios siglos que se utilizó como atalaya. Su altura, equivalente a un edificio de cuatro pisos, ofrece unas vistas espléndidas de Mitla.

El Museo Frissell debe su nombre en honor a Ervin Frissell, un estudioso estadounidense que reunió decenas de miles de piezas arqueológicas de las culturas prehispánicas oaxaqueñas. Al morir donó la colección a la Universidad de las Américas y ahora está a cargo de la Secretaría de Cultura y Artes del Estado de Oaxaca.