El Río Acaponeta nace en los límites con el estado de Durango, atraviesa todo el municipio de su nombre y pasa por Quiviquinta, Huajicori, Acaponeta, Tecuala, San Felipe y Quimichis, su curso es de 147 kilómetros y su cuenca de 214,200 hectáreas, desemboca en el estero de Teacapan, en el lugar llamado Puerta del Río.

El Río de San Pedro nace en el estado de Durango, entra a Nayarit, pasa otra vez al primero y en su puto llamado Los Amargores entre definitivamente a Nayarit, toca Ixcatán, San Juan Corapa, Venado, Vado de San Pedro y Tuxpan y al fin se bifurca, un brazo forma el estero de Las Corrientes y otro, el principal, de une a la Laguna de Agua Dulce, en el lugar conocido por Mexcal.

Las lagunas Grande de Mexcaltitlán y de Agua Dulce, unidos por el estero de Las Corrientes, originan una gran expansión que se confunde más adelante con las aguas del estero del Camichín, comunicado con el mar.

El Río San Pedro tiene como principales afluentes, por la margen derecha, los arroyos de Fresnos, Cazuelas, Lajitas, Agua Amarilla, Mocolahuata, Talega, San Juan y Naranjo, y por la izquierda Piedras Blancas, Hondo, Santa Rosalía, Tacuachera, Santo Domingo y Los Cristos, éstos dos últimos forman los de Tenamache y Linares.

El Río de San Pedro tiene un curso de 175 kilómetros y una cuenca, en Nayarit, de 437,900 hectáreas. En época de lluvias, cuando inunda grandes extensiones que son fertilizadas por el limo que dejan sus aguas, es navegable por pequeños botes. Sirve como límite parcial entre los municipios de Acaponeta y Nayar.