El sistema de enterramientos de Monte Albán tienerelación con el deAtzompa, debido a que los entierros estaban asociados a las casas, ya sea de gente común o de personajes de la elite. En el caso de personas comúnes los entierros se hacían en los costados de las unidades habitacionales, en una estructura simple o directamente sobre la tierra, con una ofrenda sencilla. En las casas asociadas a personas de estatus, se fabricaban estructuras arquitectónicas como tumbas, que requerían un trabajo mayor y debían ser terminadas antes de que la casa o palacio fuera edificado encima. Tal es el caso en Atzompa, aunque con ciertas variaciones, sobre todo en la arquitectura de las tumbas.
En Atzompa se continuó un patrón iniciado en Monte Albán. Hay una tumba muy elaborada debajo del cuarto principal de la casa, cuyo acceso se encuentra orientado hacia el patio hundido, en esa tumba yacen los restos de una pareja, puede haber un enterramiento primario y otro secundario, y tanto al interior como al exterior de la casa se encuentran varios enterramientos en su mayoría de niños. Estos enterramientos posiblemente se llevaban a cabo al mismo tiempo que se iba clausurando la casa, ya que algunos se ubican dentro de los cuartos, patios, pasillos, accesos, y otros fuera, junto a estos entierros se encuentran concentraciones de cerámica, tal vez colocada en un ritual de cancelación de la casa.
TUMBA 1
La tumba tiene forma rectangular, y aunque se trataba de un contexto alterado, al interior se descubrieron los restos de dos individuos adultos de sexo masculino, además de huesos de un cánido y como ofrenda sólo dos fragmentos de una urna, una orejera de cerámica y un fragmento de una nariguera en forma de caracol elaborada en hueso. Este enterramiento fue encontrado aislado, no había evidencia de que estuviera relacionado con alguna estructura, como una casa.
TUMBA 2
Esta tumba estaba debajo del cuarto principal de la residencia en donde se encontró. Un orificio reveló su presencia y luego se identificó el acceso original, el cual estaba cubierto por una serie de piedras colocadas en el patio. Al retirar las piedras apareció un dintel que enmarcaba el acceso. Dentro de la tumba se encontraron dos individuos, uno masculino y otro femenino, junto a una ofrenda con varios objetos. Destacan cuatro urnas en pares, las cuales son representaciones de personajes femeninos y masculinos, y muestran una rica ornamentación. Están elaboradas en cerámica moldeada con decoración al pastillaje, en colores rojo y negro. También se encontraron dos cajetes, un sahumador y un tecomate.
La arquitectura de esta tumba es simple, una fosa rectangular excavada directamente en la roca, a la cual se le agregaron bloques de piedra para los acabados de los muros. En la misma unidad habitacional, en el acceso de uno de los cuartos, se localizó el enterramiento de un niño. Se trata de un entierro primario directo, en posición decúbito vental extendido. Dentro de otro de los cuartos, bajo el nivel del piso, se encontró una tumba, en cuyo interior había un entierro múltiple compuesto de tres individuos.
TUMBA 3
Se trata de una espectacular tumba por su arquitectura y contenido, y representa una expresión local de los sistemas funerarios de Atzompa. Se encuentra en el interior del Edificio 6 y consiste en un sistema de tres cámaras funerarias distribuidas por niveles. Este complejo fue creado en diferentes momentos y cada una de las cámaras funcionó de forma independiente.
La cámara 3 se encuentra en el nivel más bajo, el acceso está compuesto por jambas, un dintel y una puerta con una laja sin decoración, el techo es de bóveda, con grandes bosques irregulares de piedra. Las paredes son lisas con hiladas de bloques rectangulares de roca arenisca y el piso consiste en un enlajado.
La cámara 2 está en el nivel medio y presenta jambas, así como una gran losa que funciona como puerta. En su interior se encuentran pinturas murales.
La cámara 1 se encuentra en el nivel más alto, y cuenta con jambas, techo de bóveda compuesto por grandes losas, muros de bloques de piedra recortados con una delgada capa de estuco y dos grandes nichos.
TUMBA 4
Esta tumba fue descubierta en el interior de la unidad habitacional Casa Norte, durante la excavación de pozos de sondeo en la ladera este del cerro. La unidad estaba compuesta por al menos tres cuartos y un patio, en este se localizó una concentración de cerámica, además de los entierros de dos individuos adultos, de los cuales uno se hallaba en una especie de contenedor elaborado con algunas lajas, colocadas sobre un relleno de tierra.
Localizada debajo del cuarto principal, la tumba fue elaborada sobre la roca madre, el acceso estaba en el patio, orientado hacia el este, y la entrada, bloqueada por una laja, estaba conformada por jambas y un dintel, los cuales soportaban un muro que llega hasta la altura de la banqueta. En el interior se encontraron los entierros de dos individuos, uno primario, en posición de cúbito dorsal extendida, y era un adulto tal vez de sexo femenino, el otro, es un entierro secundario que corresponde a un adulto de sexo masculino, y aparentemente los huesos fueron ordenados, ya que algunas partes, como las manos y los pies, se encontraron articuladas. Como ofrenda se encontraron cuatro urnas en pares, dos corresponden al dios Cocijo y las otras representan a un hombre ricamente ataviado y a una mujer. Estas urnas fueron acomodadas cerca del acceso.
Los hallazgos de las tumba 2 y 4 al interior de unidades revelaron un sistema funerario un tanto distinto al usual en el patrón zapoteco prehispánico. En ambos casos, la estructura de la tumba fue tallada totalmente en la roca madre.
En los enterramientos encontrados en el exterior de las casas los cuerpos fueron depositados sobre la roca madre, sin ningún tipo de contenedor, lo que puede indicar que se relacionan con clases sociales bajas. La cantidad de ofrendas es muy baja, inclusive hay entierros sin ellas. Los entierros se encuentran depositados en una sola capa, y no se distingue la forma de la fosa. Las unidades se encuentran en zonas aledañas al área nuclear, y por el contexto se puede decir que los restos corresponden a personas comunes.
