Puerto Morelos es la puerta de la Riviera Maya, cuyo mayor atractivo es el arrecife localizado frente al puerto, a unos metros de la playa, que ha sido decretado zona protegida.

El Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos es refugio de numerosas especies marinas, como corales, tortugas y delfines.

El Jardín Botánico permite al visitante conocer las plantas ornamentales y medicinales de la región, y para descubrir la fauna endémica está el Parque Croco Cun.