El Templo y Plazuela de San Juan de Dios se localiza un par de cuadras al oriente del Jardín Independencia.
Es de origen virreinal y en la actualidad es una placita pequeña debido que a mediados del siglo XX fue reducida para levantar nuevos edificios.
Fueron tantos los muertos en la Toma de Zacatecas que no hubo tiempo para enterrarlos a todos, de modo que fue necesario quemarlos.
En esta plaza se levantó una pila de 30 cadáveres a los que se les prendió fuego.
Lo que queda de la plaza es el atrio de la Iglesia de San Juan de Dios.
La historia de este templo se remonta a principios del siglo XVII, cuando fue construido por los frailes dominicos.
A finales del siglo XVIII pasó a manos de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, que dedicó el templo a su santo patrono.
La iglesia sufrió diversas intervenciones arquitectónicas al paso de los siglos y hoy su aspecto es de gusto ecléctico, tanto en su exterior como en el interior.
A la entrada de la plaza, del lado derecho, está la Capilla de Nuestra Señora de Guadalupe en donde reposan los restos del Padre Pascual Vega, y los hermanos lasallistas franceses Adrien Marie Astruc y Adolphe Francois Gilles, fusilados en las faldas del Cerro de la Bufa por las tropas villistas al día siguiente de la Batalla de Zacatecas.
Su lápida lleva la fecha del 24 de junio de 1914.
Lo que era el Instituto Científico San José fue fundado por estos hermanos lasallistas en 1908, es el actual Colegio Margil, localizado a unos pasos del templo, sobre la entrada del callejón.